公路局民國35年10月1日增設監理處，下設督導課、稽核課、牌照課及交通安全共四課，後改設營運課、稽核課、車輛課及駕駛課等四課，因業務需要改制為現今運輸管理科、牌照科、企劃科及交通安全科計四科。民國35年10月1日增設監理處外，另在臺北、台中、高雄分設三個段監理辦公處，並設基隆、羅東、桃園、新竹、彰化、嘉義、臺南、屏東、臺東、花蓮等十個監理站，其中臺東、花蓮兩站係直隸監理處管轄；基隆、羅東、桃園、新竹四站隸屬駐臺北段監理辦公處；彰化、嘉義兩站隸屬駐臺中段監理辦公處；臺南、屏東兩站隸屬駐高雄段監理辦公處。

臺灣省公路局於民國35年8月1日成立，本分站於70年7月成立，是臺灣省最先設立的『公路監理分站』。現址於民國76年10月31日遷站至今，位於花蓮縣玉里鎮永昌里中華路427號。本分站原隸屬台灣省政府交通處公路局台北區監理所花蓮監理站，民國88年7月1日配合台灣省政府精省作業，移撥改隸交通部。民國90年12月25日「交通部公路總局組織條例」、「交通部公路總局各區監理所組織條例」經立法院第四屆第6會期第11次會議三讀通過，翌年1月21日奉總統華總一義字第09100009920、09100009950號令公布。嗣交通部報奉行政院核定，民國91年1月30日起正式施行，改為交通部公路總局臺北區監理所花蓮監理站玉里分站。

本分站目前（94年7月）管轄區域為花蓮縣南區四鄉鎮（玉里鎮、富里鄉、卓溪鄉、瑞穗鄉）汽、機車駕駛人管理、違章裁罰、機車業務管理等，人口總數約為7萬人，機車車輛數約為4萬輛，汽車駕駛人數約為2萬人，機車駕駛人約為3萬人。